Le décret du 13 février 1790, supprimant les ordres religieux, annonce la fin du chapitre. La célébration des offices continua jusqu'au 4 janvier 1791, sous la direction de l'abbesse, Mme de Gourey. À l'heure des vêpres, les chanoinesses furent expulsées de l'église et regagnèrent leur maison ou choisirent de rejoindre leur famille en quittant Épinal. On procéda à l'inventaire des biens et des archives.

La paroisse reçut les ornements du chapitre et divers objets. Les calices et ciboires en métal précieux allaient être remplacés par des objets en bois ou en verre.

Le chapitre Saint Goëry avait vécu. Mme de Gourey mourut dans sa maison, 6 rue du Chapitre en 1800 et Mme de Mersbourg en 1840.
Les différentes communautés religieuses subirent le même sort. Les   bâtiments de la Congrégation Notre-Dame qui abritaient 43 religieuses,  50 pensionnaires et 300 externes, furent affectés au tribunal civil et à la gendarmerie.

Les Annonciades quittèrent leur couvent, le 12 mai 1791, sous les insultes de la population et se retirèrent dans leur famille. Le couvent des Capucins fut racheté par la ville pour y installer l'hôpital St-Maurice. Le faubourg du même nom devint le quai des Bons Enfants.

La chapelle du collège, fondée par les Jésuites, servit de salle de réunion pour élire les membres du Corps Municipal et en 1790, les membres du Conseil Général.

Cette chapelle fut, hélas, démolie en   1889.   Les bâtiments du collège abritèrent, dès sa création, la préfecture. En 1790, les Minimes n'étaient plus que quatre. Leur église devint, également, lieu de réunion avec la désignation d'Épinal comme chef-lieu du département le 1er juin 1790. Ils desservaient, aussi, la chapelle de Notre-Dame de Consolation dont la petite statue fut apportée dans l'église St- Maurice au cours d'une procession, le 6 mai 1792.

La période révolutionnaire vit la disparition des différentes chapelles édifiées à Épinal. La pratique religieuse s'exerça donc principalement dans l'église St-Maurice, seule paroisse de la ville où se regroupaient prêtres et fidèles.