Le XVI° siècle est marqué par un renouveau de ]'Église catholique, à la suite du Concile de Trente qui se manifeste, à Épinal, par l'installation    de plusieurs communautés religieuses.

En janvier 1620, les 4 premières religieuses de la Congrégation Notre-Dame arrivent à Épinal. Cet ordre, fondé par St Pierre Fourier et Mère Alix Le Clerc, avait pour objet l'enseignement aux jeunes filles. C'est la présence au chapitre de Jeanne de Lenoncourt qui facilita  cette implantation. D'une maison, achetée par  Antoine de Lenoncourt, les religieuses occupaient à la Révolution, un vaste couvent situé à l'emplacement du Palais de Justice. St Pierre Fourier vint rendre visite aux religieuses et leur écrivit plusieurs lettres.

Les Minimes, protégés par la famille de Bassompierre, créent leur couvent à Épinai en 1608, le chapitre ayant comme abbesse Yolande de Bassompierre. Ils s'installent, par manque de place en ville, en dehors des murailles. L'église est consacrée, en 1610, par l'abbé de Chaumousey en présence du Duc de Lorraine Henri Il. Les Minimes prêchent le carême en 1623 et chantent la messe le jour de la St Maurice. Leur couvent est détruit lors des différents sièges auxquels la ville doit faire face, au milieu du XVII° siècle. lls s'installent alors dans la Petite Ville en 1665, avec l'entrée de leur chapelle rue Rualménil. Les Minimes desservent aussi la chapelle de Notre  Dame de Consolation, construite pour abriter la statue de la Vierge trouvée par des bûcherons, comme un signe du ciel en cette période troublée après la peste et les guerres. En 1635, les registres paroissiaux indiquent 236 naissances, mais l'année suivante, aucune n'est enregistrée jusqu'au mois de juillet et seulement 48 à la fin de l'année.