L'année 1789 ne bouleversa pas les habitudes religieuses. Le pouvoir civil prit une part importante dans les affaires de l'église, tout en maintenant la célébration du culte, au moins jusqu'en juin 1794. La municipalité réglementait service divin, finançait la messe du matin à la paroisse mais utilisait l'église    pour de nouvelles cérémonies. L'abbé Pierrot, curé de St-Maurice, prête serment à la Constitution civile du clergé le 23 janvier 1791. L'élection de Jean-Antoine Maudru, curé d'Aydoilles, comme évêque  constitutionnel, se déroula dans l'église St-Maurice le ler mars 1791, et fut suivie d'une messe  solennelle le lendemain. Un Te Deurn fut célébré dans l'église, le16 septembre 1791, pour  la proclamation de la Constitution. Le 26 septembre 1792,  la naissance de la République est fêtée avec la présence de nombreux militaires et civils qui entrèrent "dans la vieille église paroissiale" précédés de la bannière  de la Fédération. Auparavant, l'abbé Pierrot avait célébré une messe au Champ de Mars pour les 500 délégués des gardes nationaux du département.

Plus tard, l'église St-Maurice est transformée en Temple de la Raison. On y célébra la fête de l'Être Suprême (8 juin 1794).Le culte ne sera rétabli qu'en juin 1795, dans un édifice qui garde les traces de nombreuses destructions. En 1792, un sergent de ville détruit les épitaphes de l'église et du cimetière. L'année suivante, la Convention demande la suppression de tous les signes extérieurs du culte. C'est la disparition de 4 autels en marbre, 2 croix, plusieurs statues, de la Mise au tombeau, de la statuaire du portail des Bourgeois dont les débris sont jetés dans les douves du château. Le coffret contenant les reliques de Saint Goëry est envoyé à l'Hôtel de la Monnaie. Mais, grâce au curé Pierrot qui enterre les reliques près d'un confessionnal, elles  seront replacées dans un reliquaire en bois doré en 1803.

En 1793, la Convention décrétait qu'il ne serait laissé qu'une cloche dans chaque paroisse, pour appeler "les citoyens aux armes" et sonner le tocsin. En réalité, il en resta deux dans le clocher, "la Petite" et "la Grosse". Celle-ci, datant de 1718, était la plus lourde à descendre (3.400 kg). Aujourd'hui, c'est la plus ancienne des cloches de l'église St-Maurice.